水生生物博物馆的前身是1930年成立于南京的中央研究院自然历史博物馆。1934年自然历史博物馆更名为中央研究院动植物研究所。抗日战争期间，动植物研究所先后迁至湖南南岳、广西阳朔，最后转移到重庆北碚。抗战胜利以后，该研究所迁到上海。1950年，该研究所在上海改组为中国科学院水生生物研究所。1954年，水生生物研究所从上海迁至武汉，原中央研究院自然历史博物馆积累的大量淡水鱼类标本和资料也随之被带到武汉
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中国科学院水生生物研究所（以下简称水生所）是从事内陆水体生命过程、生态环境保护与生物资源利用研究的综合性学术研究机构，其前身是1930年1月在南京成立的国立中央研究院自然历史博物馆，1934年7月改名为中央研究院动植物研究所，1944年5月又分建成动物研究所和植物研究所。中国科学院成立以后，于1950年2月将国立中央研究院动物研究所、北平研究院动物学研究所、国立中央研究院植物研究所藻类部门合并，组建中国科学院水生生物研究所，所址上海，1954年9月迁至武汉。2011年水生所整体进入中国科学院“创新2020”试点工程。2015年被认定为中国科学院“率先行动”计划特色研究所。
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