水生生物博物馆的前身是1930年成立于南京的中央研究院自然历史博物馆。1934年自然历史博物馆更名为中央研究院动植物研究所。抗日战争期间，动植物研究所先后迁至湖南南岳、广西阳朔，最后转移到重庆北碚。抗战胜利以后，该研究所迁到上海。1950年，该研究所在上海改组为中国科学院水生生物研究所。1954年，水生生物研究所从上海迁至武汉，原中央研究院自然历史博物馆积累的大量淡水鱼类标本和资料也随之被带到武汉
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